
Нынешнюю церковь строили в 1482-1523 гг. В 1614-м она стала приходской церковью палаты общин, и сегодня священник церкви св. Маргариты, один из четырех каноников аббатства, обычно является капелланом спикера палаты общин. Передняя скамья с южной стороны предоставлена исключительно спикеру. В1655 г. здесь венчался Сэмюел Пипе, а в прошлом веке в светских кругах было модным венчаться в этой церкви. Здесь венчался Уинстон Черчилль и другие представители аристократии.
Интересны витражи в окнах. Восточное окно было сделано в Нидерландах около 1526 г., но установлено только в 1758 г. В нем запечатлено бракосочетание Генриха VIII и его первой жены, Екатерины Арагонской. Витраж над западной дверью посвящен сэру Уолтеру Роли, похороненному под алтарем.
Память о некоторых прихожанах увековечена и в церкви св. Маргариты, и в аббатстве. Поэт Джон Мильтон молился в этой церкви: он увековечен в западном окне и в самом аббатстве. Уильяму Кэкстону (ок. 1422-ок. 1492), устроившему первую в Англии типографию, мемориальные доски установлены в церкви и снаружи аббатства, у двери, ведущей в Уголок поэтов. В южном приделе - мемориальная доска массачусетскому епископу Филлипсу Бруксу (1853-93), знаменитому проповеднику, которого помнят и сегодня по его стихотворению «Городок Вифлеем», ставшему популярной рождественской песней.
Около западной двери, с южной стороны от нее - доска с именами тех, кто жертвовал деньги на реставрацию церкви св. Маргариты в конце XX века. Среди них - имя знаменитого певца Фрэнка Синатры.
Сэр Уолтер Роли и королева Елизавета I из витража в западном окне.
Алтарная часть с алтарем, экраном и восточным окном.