Ланселот Эндрюс, последний епископ Винчестера, которому довелось жить в Винчестерском дворце, умер в 1626 году и Клинк мог бы скатиться до состояния небольшой темницы при поместье, если бы не значительный государственный переворот. Король Чарьз I ссорился с Парламентом с самого начала своего правления. Он распустил Парламент и правил единолично с 1629 до 1640 года. Когда Парламент был вновь созван для повышения налогов в 1640 году, они потребовали принять Билль о правах. Чарльз отказался и попробовал заставить людей подчиниться силой оружия. Начавшаяся в итоге гражданская война стоила Чарльзу его трона и его жизни.





Как и Сити, Саутворк поддерживал на протяжении войны Парламент и Винчестерский дворец служил местом заточения роялистов, преимущественно офицеров, которых держали в комнатах над Клинком. Томас Девениш был назначен их тюремщиком, к большому разочарованию уже имевшегося тюремщика, который потребовал компенсацию. Самым видным заключенным был сэр Кенелм Дигби, одинако уважаемый и своими друзьями, и теми, кто держал его в плену. Другой видной фигурой был Джон Огли. Парламент выиграл войну в 1646 году, но теперь наиболее радикально настроенные его сторонники, известные как левеллеры, стали требовать права избирать членов парламента! Их лидер, «Свободно рожденный» Джон Лилбёрн, был заключен в Тауэр, а его семью держали в Винчестерском дворце, где ему иногда позволяли ее навещать. Левеллеры так никогда и не получили прав, которые требовали.

Король Чарльз I был казнен в 1649 году и на протяжении последовавших 11 лет власти в руках пуритан публичные дома и места для травли медведями и собаками были закрыты. После восстановления монархии с королем Чарльзом II на троне в 1660 году Бэнксайд ненадолго возродился. После Великого пожара в 1666 году Лондон требовал восстановления и снова строителям потребовался Бэнксайд в качестве базы для строительства города.